常见问题解答

UniProt数据库全称Universal Protein，是由欧洲生物信息研究所（EMBL-EBI）、瑞士苏黎世大学的Swiss Institute of Bioinformatics（SIB）和美国国家生物技术信息中心（NCBI）三家机构合作维护的知识库，旨在整合、注释和提供全面的蛋白质序列及相关功能信息。

前几期和科研宝子们分享了co-IP、GST-Pull down、SPR以及BLI实验，这一期小编带大家了解另一种常见的互作实验——酵母双杂。酵母双杂交系统是一种强大的遗传学工具，用于检测蛋白质之间的相互作用。凭借其在生理条件下检测蛋白质直接相互作用的能力、低假阳性率以及高成本效益比，成为了探索蛋白质网络、加速药物发现与功能基因组学研究不可或缺的强大工具。

生物层干涉技术（Biolayer Interferometry, BLI）是一种实时的、无标记的生物分子相互作用分析方法。主要应用于量化蛋白质、核酸、多糖和其他生物分子之间的动态结合反应，提供有关结合亲和力、速率常数和稳定性的重要信息。

前两期和科研宝子们分享了co-IP实验和GST-Pull down实验，这一期小编带大家了解另一种常见的互作实验——SPR。表面等离子共振（Surface Plasmon Resonance, SPR）技术凭借其无标记、实时监控、高灵敏度等特点，在过去数十年里迅速崛起，成为探究蛋白质、核酸、小分子药物等生物大分子相互作用的强大工具。

上一期和科研宝子们分享了co-IP实验，这一期小编带大家了解另一种常见的互作实验——GST pull-down。Pull-Down主要用于体外验证已知蛋白间的直接相互作用，通过重组加GST标签的蛋白与靶蛋白的结合，非生理状态下的测试可能影响蛋白结构。其优点在于实验流程简单，利用高效商业化载体和GSH琼脂糖珠，难度较低。相比之下，Co-IP反映的是体内或细胞水平上的真实蛋白互作，保持了活细胞环境下蛋白间的自然互动，但无法明确区分直接或间接作用。实验复杂度高，需要高质量抗体和非变性条件，整体操作较为困难。两者互补，GST Pull-Down初筛直接互作，Co-IP确认体内情境，共同描绘蛋白互作全貌。

深入理解蛋白质相互作用对于揭示生物体内的分子机制至关重要。今天小编带大家了解最常见的蛋白质相互作用实验技术之一——免疫共沉淀。免疫共沉淀（Co-Immunoprecipitation, Co-IP）主要用于检测和研究蛋白质-蛋白质相互作用。它基于抗体对特定抗原的特异性识别，能够从复杂的细胞或组织提取物中富集目标蛋白及其结合伙伴，进而分析蛋白质复合体的组成。这种方法的独特之处在于能够在接近生理条件的状态下，捕捉和证实蛋白质之间的交互作用，因此被视为探究蛋白质复合体构成及动态变化的重要工具。相比于其他的分子间相互作用鉴定技术，如GST pull-down等，免疫共沉淀可以在生理条件下检测，具有高特异性和灵活性。

蛋白质磷酸化作为细胞内最重要的翻译后修饰（PTM）之一，调控着几乎所有的细胞活动，包括信号传导、代谢、基因表达、细胞周期进程和凋亡等。自20世纪50年代初由Edward Adelberg发现以来，已经成为生物学领域中备受瞩目的研究焦点。它的动态变化直接影响着细胞的功能状态和响应环境的能力。今天小编就带大家探讨一下蛋白质磷酸化的基础理论，以及当前流行的检测技术。

流式细胞术（Flow Cytometry, FC）是一种以流式细胞仪为检测手段，在悬浮液中快速分析和分类单个细胞或细胞结构，并加以定量的技术。结合了光学和电子测量手段，通过对细胞进行荧光染色，实现了对细胞特征，如大小、形状和荧光信号的即时量化。流式细胞术还可以结合细胞分选仪通过荧光激活细胞分选（Fluorescence Activated Cell Sorting, FACS）精准的从群体种分离特定类型的细胞或细胞器，极大地推动了细胞生物学、免疫学以及临床诊断等多个领域的进步。

流式细胞术是一种强大的技术，能够通过FSC（前向散射）和SSC（侧向散射）图表对细胞大小和内部结构进行分类。本文详细介绍了如何通过FSC与SSC散点图区分中性粒细胞、单核细胞和淋巴细胞，并探讨了该技术在免疫学和临床应用中的重要性。

流式细胞术中，抗体的非特异性结合是影响实验精度的重要问题，特别是由于Fc受体（FcR, Fragment Crystallizable Receptor）的存在。抗体由Fab段和Fc段组成，其中Fab段负责与目标分子特异性结合，而Fc段则与效应分子或细胞相互作用（见Fig 1）。FcR是免疫调节系统中的重要受体，主要表达在先天免疫细胞（Innate Immune Cells）表面，如巨噬细胞（Macrophages）、单核细胞（Monocytes）、中性粒细胞（Neutrophils）、树突状细胞（Dendritic Cells）等。FcR能够识别并结合抗体的Fc段，从而引发免疫应答。在实验中，这种识别可能导致抗体的Fc段与细胞表面的FcR发生非特异性结合，进而产生背景噪音，甚至是假阳性信号。